编程小目标

https://www.jianshu.com/p/d10043105b79

另外看一下https://github.com/lorenzo-rovigatti/PatchyParticles 代码中有惊喜, 例如重载(MC.c switch syst ensemble 那部分).

• KA Dill书, 从一个示例推出熵的一般形式

• Sandler书+平板wiki, Gibbs entropy equation/formulae, 准备基于此推导P(X,T), X是给定参量描述的构型空间中的状态.

• 变分原理
  KA Dill书涉及平衡态变分原理, KA Dill网页上有关于非平衡态变分原理的内容.
  M Doi Onsager变分原理的内容又是关于哪一方面的?

学习Amber的使用, 先从Amber网站上的Tutorial开始.
* Jerkwin 四种计算自由能方法的原理示例教程
自由能微扰, 接受比例, 热力学积分, 非平衡近似

一个AI
一个AI 示例 聊天场景

注册后可以创建应用, 查看示例.
登录后, 可以上开发者论坛获取资讯. 有一个侧边栏小贴士很有意思: 我们节省的时间愈多, 供我们浪费的时间就愈多.

一个AI(www.yige.ai), 是由世纪佳缘开发的免费创建虚拟对话机器人(Bot)应用的在线平台. 利用一个AI, 开发者甚至产品和运营人员都可以轻松地开发聊天/对话机器人应用，而不需要具备机器学习与自然语言处理等相关知识.
一个AI使命: 让每个人都能轻松开发一个AI应用. 一个AI价值: 一个AI平台使用自然语言理解技术, 依据所处的对话状态, 从句法和语义层面分析用户说的话, 运用自然语言处理和机器学习技术准确识别用户意图. 利用一个AI平台提供的管理界面和调用接口, 开发者无需关心技术细节就可以方便地使用这些AI技术, 开发出用户友好的自然语言对话交互应用.

知乎上也打了广告说明使用方法: https://www.zhihu.com/question/50909006/answer/123461408

• 我的经验
  ifort 默认开启-O2选项;
  ifort 编译时加上-xhost 可以利用当前处理器最优的指令集, 保证结果的前提下提升计算速度("This option tells the compiler to generate instructions for the highest instruction set available on the compilation host processor");
  ifort(2013) 编译代码时加上加上-vec-report 可以查看编译器对哪些代码做了向量优化(vectorized).

• loop unrolling, vectorize
  Vectorization Essentials
  vectorization support: unroll factor set to xxxx
  Avoid Manual Loop Unrolling
  Vectorization and Optimization …

Event-Driven Molecular Dynamics
或者考虑使用软件包 DynamO
在文献 Experimental Evidence for a Structural-Dynamical Transition in Trajectory Space (Phys. Rev. Lett. 119, 028004, 2017) 的数值模拟部分, 使用了此软件包.

• 3D Cube made of Crosses

• 20170714 Active-Matter Thermodynamics Under Pressure ... Is defining the equation of state for active matter merely of academic interest? For now, we don’t know. It could become influential if researchers are able to produce practically use- ful active materials or to extend the elegant experiments and theories that describe self-propelled …

Gromacs GAFF (Amber tool, GPL)

看起来很有帮助的详细教程:
Jerkwin 使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件
文中有链接提供AmberTools+ACPYPE下载.