Python 笔记备忘

为了下一步应用到实际工作, 先定几个小目标编写练手程序. 比如:
Fortran double loop parallelization using GPU CUDA (in addition: Python double loop parallelization using Numba, pycuda, ...)
parallel replica-exchange

待尝试的采样方法:
WL
2D WL
REWL (maybe next: RE multi-D WL?)
MUCA
REMUCA
PT (single device), or REM (multiple devices)
Metadynamics(PLUMED)
STMD
Population annealing
Nested sampling
Umbrella sampling
PERM …

https://www.jianshu.com/p/d10043105b79

另外看一下https://github.com/lorenzo-rovigatti/PatchyParticles 代码中有惊喜, 例如重载(MC.c switch syst ensemble 那部分).

• KA Dill书, 从一个示例推出熵的一般形式

• Sandler书+平板wiki, Gibbs entropy equation/formulae, 准备基于此推导P(X,T), X是给定参量描述的构型空间中的状态.

• 变分原理
  KA Dill书涉及平衡态变分原理, KA Dill网页上有关于非平衡态变分原理的内容.
  M Doi Onsager变分原理的内容又是关于哪一方面的?

学习Amber的使用, 先从Amber网站上的Tutorial开始.
* Jerkwin 四种计算自由能方法的原理示例教程
自由能微扰, 接受比例, 热力学积分, 非平衡近似

从网上帖子里得知两本机器学习方面的不错的书, 留着看.
(http://www.cnblogs.com/xitingxie/p/5684254.html
... 贝叶斯学派和频率学派，这两个学派的人把战场拉到了机器学习领域，成就了两本经典著作 Pattern Recognition And Machine Learning 和 The Elements of Statistical Learning ...)

• Pattern Recognition And Machine Learning
  (CM_Bishop_Pattern_Recognition_and_Machine_Learning.pdf)

• The Elements of Statistical Learning
  (T_Hastie_The-Elements-of-Statistical-Learning_2017Jan_print12-with-corrections.pdf)
  作者网站可下载全书pdf, 并且不断更新勘误, 最近更新到Jan 2017:
  https://web.stanford.edu/~hastie/ElemStatLearn/
  亚马逊上出售纸质书, 但缺了很多更新 …

一个AI
一个AI 示例 聊天场景

注册后可以创建应用, 查看示例.
登录后, 可以上开发者论坛获取资讯. 有一个侧边栏小贴士很有意思: 我们节省的时间愈多, 供我们浪费的时间就愈多.

一个AI(www.yige.ai), 是由世纪佳缘开发的免费创建虚拟对话机器人(Bot)应用的在线平台. 利用一个AI, 开发者甚至产品和运营人员都可以轻松地开发聊天/对话机器人应用，而不需要具备机器学习与自然语言处理等相关知识.
一个AI使命: 让每个人都能轻松开发一个AI应用. 一个AI价值: 一个AI平台使用自然语言理解技术, 依据所处的对话状态, 从句法和语义层面分析用户说的话, 运用自然语言处理和机器学习技术准确识别用户意图. 利用一个AI平台提供的管理界面和调用接口, 开发者无需关心技术细节就可以方便地使用这些AI技术, 开发出用户友好的自然语言对话交互应用.

知乎上也打了广告说明使用方法: https://www.zhihu.com/question/50909006/answer/123461408

• 我的经验
  ifort 默认开启-O2选项;
  ifort 编译时加上-xhost 可以利用当前处理器最优的指令集, 保证结果的前提下提升计算速度("This option tells the compiler to generate instructions for the highest instruction set available on the compilation host processor");
  ifort(2013) 编译代码时加上加上-vec-report 可以查看编译器对哪些代码做了向量优化(vectorized).

• loop unrolling, vectorize
  Vectorization Essentials
  vectorization support: unroll factor set to xxxx
  Avoid Manual Loop Unrolling
  Vectorization and Optimization …

Event-Driven Molecular Dynamics
或者考虑使用软件包 DynamO
在文献 Experimental Evidence for a Structural-Dynamical Transition in Trajectory Space (Phys. Rev. Lett. 119, 028004, 2017) 的数值模拟部分, 使用了此软件包.

• 3D Cube made of Crosses